- La FENA reconoce a la Federación Internacional de Natación Amateur (FINA), como el único organismo que gobierna internacionalmente a la Natación en el mundo, constituyéndose así, en uno de los miembros integrantes de esa entidad, de acuerdo a las Reglas que regulan sus actividades.
- La FENA es miembro de pleno derecho de la UANA y de la CONSANAT.
- Por ser su objetivo la práctica y promoción de un deporte olímpico, esta afiliada y reconoce al Comité Olímpico Ecuatoriano (COE), cuyos estatutos y reglamentos acata.